total IDの年度更新処理は、先生方の作業を簡便化するため、ログインID、Googleアカウント、Microsoftアカウント、Appleアカウントなどのアカウント情報を比較し、同一のものがあれば同一人物とみなして処理を行います。多くの自治体でGoogleやMicrosoftアカウントをキーとして名簿を処理しているため、このような仕様になっています。
そのため、卒業生と新1年生に同じMicrosoftアカウントを紐付けると、システムは2人を同一人物と認識し、卒業生の情報が新1年生に引き継がれてしまいます。

新1年生に卒業生のMicrosoftアカウントを割り当てる場合、年度更新処理にて卒業生を削除した後、「ユーザーの登録」から新1年生の登録とMicrosoftアカウントの設定を行ってください。