【対象】
・言文701 新編言語文化
・言文702 精選言語文化
・古探701 新編古典探究
・古探703 精選古典探究 漢文編
上記書目の指導書Dマイスターに収録されている「新TOSHO漢文エディタN」　

PDFファイルを作成する際、Wordの保存機能（「ファイル」の「名前を付けて保存」や「エクスポート」）から実行すると、ご指摘のような結果で出力されることがあります。
Wordの「印刷」から書き出しを行ってください。
印刷時のプリンター選択のプルダウンで「Microsoft Print to PDF」を選択して出力すると、適切なPDFが作成されます。